一个更广的结构预测框架
2024 年 5 月发表的 AlphaFold 3 论文，将蛋白质、核酸、小分子、离子等组分纳入同一结构预测框架。这使研究者能够考察更多种类的分子相互作用。
我们关注的变化，是计算工具开始覆盖更完整的研究对象。模型输出仍然是待解释、待检验的结构预测；它在具体课题中意味着什么，需要结合其他证据判断。
一个结构，如何影响下一步工作
以比较候选分子为例，研究者需要知道输入来自哪里、采用了哪个模型版本，以及不同运行使用了什么条件。查看结果时，还需要区分模型的判断与已有实验事实。
我们的判断是，这些信息应当和预测一起交付。否则，同一张结构图在多人协作中流转，很容易失去产生它时的条件；后续比较也难以复现。
从任务定义开始设计工具
一个可执行的起点，是先写清楚这次计算要支持哪项决定：缩小候选范围、比较某种结构假设，还是为后续实验准备材料。不同目标，需要不同的评价方法。
随后固定输入、保留运行配置，并用已有样本建立比较基准。领域专家检查模型提供的信息是否足够支持这项任务，再决定下一步实验。验证过程留下的偏差和失败样本，同样应进入项目记录。
这也是我们构建科研工作流的方向：检索、数据整理、计算与复核使用共同的任务上下文。研究者可以返回依据，修改输入，重新运行，并解释为什么继续追踪某一个结果。
